三峡大学医学部成立于2020年7月16日，作为三峡大学机关职能部门，医学部统筹三峡大学医学学科建设、科学研究、本科教育以及研究生教育，协调包含三峡大学基础医学院、三峡大学健康医学院、三峡大学第一临床医学院、三峡大学第二临床医学院(三峡大学附属仁和医院)、三峡大学第三临床医学院、三峡大学人民医院、三峡大学第二人民医院、三峡大学中医临床医学院、宜昌市夷陵医院、当阳市人民医院、枝江市人民医院、宜都市第一人民医院、监利市人民医院共11家附属医院和三峡大学第三人民医院、三峡大学妇女儿童临床医学院、三峡大学精神卫生中心、三峡大学公共卫生研究所等20家教学医院。
    医学部设有部务委员会，以及医学学位评定分委员会、医学教学委员会、医学学术委员会3个非常设机构。医学部设有综合办公室（教师教学发展办公室）、本科人才培养办公室、学科建设与科研管理办公室（研究生教育办公室）3个行政机构。
    医学部下特设临床教学管理中心，含教学办公室、临床教学管理中心班主任工作办公室。临床教学管理中心负责协调各附属医院和教学医院做好本科教学工作，协助基础医学院、健康医学院做好学生管理工作。